Come indicato nello statuto consortile, gli Organi del Consorzio sono:
- l'Assemblea Consortile che esercita le funzioni di indirizzo strategico e di controllo nei confronti degli organi consortili;
- il Presidente, che rappresenta legalmente il Consorzio. Tra gli altri compiti, presiede le riunioni degli organi di governo e ne dirige i lavori, vigila sull'attuazione delle delibere assunte dal Consiglio di Amministrazione e dalla Consulta Consortile;
- il Consiglio di Amministrazione, che ha le competenze di amministrazione ordinaria e le proposte relative all’amministrazione straordinaria da sottoporre all’Assemblea Consortile;
- il Direttore Generale, che ha il compito di direzione e vigilanza di ogni attività del Cineca; Cura inoltre l'attuazione delle delibere assunte dal Consiglio di Amministrazione e dalla Consulta Consortile;
- la Consulta Consortile che ha un ruolo di consulenza tecnica a supporto dell’Assemblea Consortile per gli argomenti oggetto di delibera da parte della stessa;
- il Collegio dei Revisori dei Conti, che esercita la vigilanza sulla regolarità contabile e finanziaria della gestione, verificando il rispetto delle pertinenti disposizioni di legge, regolamentari e statutarie;
- L'Organismo di Vigilanza ha funzioni di vigilanza e controllo in ordine al funzionamento, all'efficacia, all'aderenza ed all'osservanza del Modello di Organizzazione, Gestione e Controllo adottato dal Consorzio.
I Consorziati partecipano alle attività anche tramite panel e focus group tematici
