Per garantire ai propri clienti la migliore qualità dei propri servizi, Cineca ha ottenuto le seguenti certificazioni:

Nel 2001 Cineca ottiene la certificazione ISO 9001, che detta i requisiti di un modello di gestione per la qualità adattabile a qualsiasi tipologia di organizzazione. Il campo di applicazione delle certificazioni è indicato nella relative pagine.
 
Nel 2005 consegue il certificato di conformità allo standard inglese BS 7799-2:2002 che detta i requisiti per un Sistema di Gestione per la Sicurezza delle Informazioni.
 Nel 2006 il Cineca ottiene la certificazione di conformità allo standard ISO 27001:2005 "Information Technolgy - Security techniques - Information security management system" che rappresenta il recepimento da parte dell'ISO (International Organization for Standardization) dello standard di derivazione britannica.

A Luglio 2015 Cineca supera la verifica ispettiva di transizione al nuovo standard ISO 27001 del 2013 e nel contempo estende il campo di applicazione della certificazione ai servizi di Conservazione digitale.  Nel 2018, il Cineca supera inoltre la verifica ispettiva di conformità alla “Lista di Riscontro per la visita ispettiva AgID e la certificazione di conformità dei conservatori accreditati” e al Regolamento (UE) n. 910/2014 (eIDAS), mantenendo l'accreditamento presso AGID come conservatore a norma.

A Novembre 2018 integra nel proprio SGSI i controlli previsti dalle Linee guida internazionali ISO/IEC 27017 e ISO/IEC 27018.
La linea guida ISO/IEC 27018 fa riferimento in particolare agli ulteriori controlli di sicurezza che un cloud service provider dovrebbe applicare in veste di Responsabile del trattamento di dati personali (ISO/IEC 27018) mentre la ISO/IEC 27017 integra la linea guida ISO/IEC 27002 con ulteriori controlli e misure di sicurezza rivolti ai cloud service customers ed ai cloud service providers.

A settembre 2020 Cineca amplia i propri Sistemi di Gestione ottenendo la certificazione di conformità ISO/IEC 20000-1:2018